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司法鑒定科學研究院，始建于1951年，是司法部直屬的司局級科研事業單位，承擔司法鑒定領域的基礎研究、應用研究和高新技術研究，全國重大疑難案件的司法鑒定和技術指導，司法鑒定高端人才的培養培訓，國內外學術交流等工作職能。研究院設有法醫病理學、法醫臨床學、法醫精神病學、法醫物證學、法醫毒物化學、微量物證學、文件鑒定學、聲像鑒定學、痕跡鑒定學等專業。

復旦大學上海醫學院司法鑒定中心，成立于1992年，復旦大學旗下附屬司法鑒定機構，2007年被司法部確定為國家司法鑒定人轉崗培訓基地。鑒定中心的業務范圍：法醫病理鑒定、法醫臨床鑒定、法醫物證鑒定、法醫毒物鑒定、痕跡鑒定和法醫精神病鑒定等等。鑒定中心成立以來，堅持實事求是、科學鑒定的原則，鑒定結果采信率達到99%以上，取得了良好的社會效益。

上海潤家司法鑒定中心，是在司法部備案，由上海市司法局批準設立的獨立第三方司法鑒定機構，執業范圍包括法醫物證鑒定（親子鑒定屬于該大類）、法醫毒物鑒定、法醫臨床鑒定、文書鑒定、痕跡鑒定、法醫精神病鑒定等，其中親子鑒定、個體識別、傷殘鑒定、醫療損害責任鑒定是其特色鑒定項目。

華東政法大學司法鑒定中心，1987年成立，1999年經司法部核準，公告為面向社會服務的專業司法鑒定機構之一；依托華東政法大學資源，其業務范圍立足上海，面向全國，可接受公、檢、法委托的各類案件，以及有關企事業單位、政府部門等委托的人體損傷程度鑒定、傷殘評定、死因鑒定、醫療損害鑒定、親子鑒定，筆跡等。

裕隆公司法醫物證司法鑒定所，是國家司法部評定的“全國公共法律服務工作先進集體”，是經上海司法局審核登記、面向全社會服務的司法鑒定機構，機構內所內配備有ABI3500遺傳基因分析儀等大型進口儀器設備，鑒定人員70%以上擁有碩士、博士學位，專注于親權鑒定。

上海東南鑒定科學研究所司法鑒定所，是專業從事鑒定科學理論研究，鑒定科學技術設備研發和轉讓的科研機構。機構現主要開展文書鑒定、痕跡鑒定、法醫臨床鑒定、法醫精神病鑒定、法醫物證（DNA）鑒定等項目。其秉承“公正科學、及時準確、以法律己、優質服務”的宗旨和科學發展的鑒定理念，建成集鑒定、科研和教學三位一體的綜合性鑒定機構。

尚法公司司法鑒定所，2016年成立，是上海一家激發鑒定機構，執業范圍包括但不限于法醫物證鑒定、法醫臨床鑒定、法醫毒物鑒定、法醫精神病鑒定等。該機構專業鑒定人都是長期工作在一線的法醫工作者，主要來自公安和高等院校等單位。

上海迪安司法鑒定所屬于上海迪安司法鑒定有限公司，是經上海市司法局批準設立的獨立第三方司法鑒定所，2012年成立；執業范圍包括法醫物證鑒定、法醫精神病鑒定、法醫毒物鑒定、法醫臨床鑒定、法醫病理鑒定。

上海楓林司法鑒定中心，成立于2009年，前身是上海楓林國際醫學交流和發展中心司法鑒定所，是上海最大的獨立第三方司法鑒定機構之一、國家級CNAS認證認可單位、上海市法醫學會常務理事單位。其執業范圍包括但不限于法醫物證鑒定、法醫臨床鑒定、法醫毒物鑒定、法醫精神病鑒定等。